با آماده شدن شاتل‌های فضایی برای رفتن به موزه، مسولان ناسا مرتب کردن انبارهای قطعات یدکی را آغاز کرده‌اند. آنها باید تصمیم بگیرند که با این قطعات به یادماندنی که دیگر کاربردی ندارند، چه کار بکنند.باب شروز از مسولان ارشد ناسا که مسولیت رسیدگی به توزیع قطعات مربوط به شاتل را بر عهده دارد می‌گوید: «این کار مثل این است که مجبور باشید به سرعت آپارتمان خود را تخلیه کنید. شما یک‌سری وسایل دارید که باید با خودتان به آپارتمان جدید ببرید، اما در همین حال چیزهای تازه‌ای را کشف می‌کنید که زیر تخت یا ته کمد داشته‌اید.»شاتل‌های فضایی قبل از اینکه برای بازدید عموم حاضر شوند، باید یک فرایند طولانی پاک‌سازی را طی کنند. وقتی‌که یک شاتل فرود می‌آید، آغشته به انواع مواد خطرناک است. از آن جمله می‌توان به هیدروژن و اکسیژن مایع به عنوان سوخت شاتل، آمونیاک برای خنک‌سازی شاتل و مواد محترقه تعبیه شده برای منفجر کردن پنجره‌ها به هنگام خروج اضطراری اشاره کرد. تمام این مواد شیمیایی قبل از ارسال شاتل‌ها به موزه باید پاکسازی شود تا در حین بازدید عموم از داخل و بیرون شاتل، خطری را برای آنها به وجود نیاورد. قطعه دیگری که به دلایل ایمنی برداشته خواهد شد، سیستم کنترل واکنش رفت است، موتور کوچکی که چرخش شاتل را کنترل می‌کند. دماغه شاتل نیز برداشته خواهد شد، قطعات داخلی آن جدا شده، و مجددا دماغه به سر جای اولش بازگردانده می‌شود. استفانی استیلسون که وظیفه آماده‌سازی شاتل‌ها برای بازنشستگی را بر عهده دارد می‌گوید: «شما تغییری را در نمای بیرونی شاتل نخواهید دید، اما درون آن خالی خواهد شد.»بعضی از قطعات از جمله پنجره‌ها و قطعات متحرک بال برداشته خواهد شد تا مشخص شود که محیط خشن فضا چه بلایی بر سر آنها آورده است. همچنین بازوی رباتیک شاتل فضایی دیسکاوری که توسط آژانس فضایی کانادا ساخته شده، برداشته شده و به این کشور بازگردانده می‌شود. موتورهای اصلی هر سه شاتلی که قرار است به معرض دید عموم گذاشته شوند نیز برداشته خواهد شد. 14 موتور اصلی -شامل سه موتور هر کدام از فضاپیماهای آتلانتیس، دیسکاوری و ایندیور، به همراه پنج موتور یدکی- برای استفاده مجدد در فضاپیماهای آینده کنار گذاشته خواهد شد. به جای آنها جایگزین‌هایی با استفاده از قطعات یدکی ساخته  و در اختیار موزه‌ها قرار خواهد گرفت. استیلسون می‌گوید: «قطعات پروازی واقعی بر روی شاتل‌ها باقی خواهد ماند. ما فقط دل و روده آنها را بیرون می‌کشیم. ما تلاش می‌کنیم تا آنجا که ممکن است آنها را شبیه نمونه‌های پروازی حفظ کنیم. برنامه ما این است که آنها را به نحوی آماده کنیم که گویی همین الان از فضا برگشته‌اند.» این گفته بدان معناست که هیچ رنگ‌آمیزی مجددی انجام نخواهد شد. اگرچه احتمالا قطعات کاشی‌های حرارتی که در حین فرود شاتل از آن جدا شده‌اند، با قطعات یدکی جایگزین خواهند شد.اگر شما بخواهید قطعاتی را برای مدرسه یا موزه شخصی خود تهیه کنید، کافی است که تقاضانامه مربوطه را پر کنید. در تاریخ اکتبر 2009 / مهرماه 1388، ناسا وب‌سایتی را برای پاکسازی انبارهای خود راه‌اندازی کرد و 24 هزار قطعه را در معرض فروش قرار داد. البته مسولان ناسا قول دادند که 3000 قطعه را به مدارس و موزه‌های محلی ایالت متحده هدیه بدهد، و 700 قطعه را نیز به صورت امانت در اختیار موسسات مختلف قرار دهد. در خصوص این قطعات آنها تنها هزینه حمل را دریافت می‌کنند که کمتر از 24 دلار است.شروز می‌گوید: «اندازه این قطعات بسیار متفاوت است و از یک پاکت غذای فریز شده تا اجسامی به بزرگی یک شبیه‌ساز پرواز را شامل می‌شود. تعداد قطعات موجود بسیار بیشتر از تقاضاها بوده است.»اما زمانی‌که قطعات فروخته شده (یا نسخه‌های جعلی هوشمندانه) برای فروش روی اینترنت قرار بگیرند چه اتفاقی خواهد افتاد؟ به گفته شروز این اتفاق هم اکنون نیز رخ داده است. اخیرا نمونه نمایشی شاتل اینترپرایز برای چند روز بر روی سایتeBay قرار گرفته بود، تا اینکه مسولان ارشد ناسا آنها را مجبور کردند این آگهی را بردارند. یک لباس فضایی مربوط به دوره ماموریت فضاپیمای مرکوری که توسط یک نظافتچی به سرقت رفته بود و برای مدت‌ها در یک گاراژ نگهداری می‌شد نیز اخیرا به فروش گذاشته شده است.به گفته شروز، ناسا از چنین چیزهایی چشم‌پوشی نمی‌کند. وی می‌گوید: «وقتی ما چنین اتفاقاتی را می‌بینیم، واکنش نشان می‌دهیم.» صرف نظر از مسائل گوناگون، ارسال عمده قطعات شاتل به خارج از ایالات متحده به دلایل امنیتی غیرقانونی است. مسولیت حفظ اسرار مهندسی شاتل نیز پس از بازنشستگی آنها به مدیران موزه‌ها واگذار خواهد شد.استیلسون می‌گوید: «من امیدوارم هر سه محل بازدید از شاتل‌ها تنها به جنبه‌های تکنیکی این فضاپیماها تکیه نکنند، بلکه تلاش کنند تا روح گروهی را که در ماموریت‌های شاتل‌ها و نگهداری از آنها مشارکت داشته‌اند به تصویر بکشند.»